روایتی از نامه‌ای برجامی که «شمخانی بدون‌اطلاع روحانی نوشت»
احمدی دیپلمات سابق ایران در سازمان ملل گفت: گویا آقای شمخانی بدون اطلاع دولت و رئیس شورای امنیت ملی که رئیس‌جمهور بود، مذاکراتی با مجلس و شورای نگهبان داشته یا شاید نامه‌ای دال بر موافقت شورای عالی امنیت ملی به شورای نگهبان نوشته باشد که تصویب قانون راهبردی مجلس برای لغو تحریم‌ها توسط مجلس و تایید سریع آن توسط شورای نگهبان را ممکن کرد.
با توجه به بررسی پرونده برجام در شورای عالی امنیت ملی، برخی بر این باور اند که تعویض شمخانی باعث ایجاد برخی تغییرات در این پرونده و بروز نگاه‌های جدید می‌شود. اما برخی نیز معتقدند درست است کهشمخانی با روحانی همکاری‌های زیادی داشته، اما در سابقه چند سال اخیر او، ناهماهنگی‌هایی بین او و دولت روحانی در روند برجام نیز دیده می‌شود.
کوروش احمدی، دیپلمات سابق ایران در سازمان ملل، درباره میزان تعیین کنندگی نهاد شورای عالی امنیت ملی بر روند برجام گفت: این مسئله از دو جهت قابل بحث است: یکی اینکه آیا موضوعات از بعد اجرایی نیز بطور مشخص به شورای امنیت ملی سپرده شود یا نه. دیگر اینکه نقش شورای عالی امنیت ملی در بررسی و تصویب اموری که ابعاد اجرایی آن در نهادهای دیگر انجام شده تا چه حد است. در مورد اول مثلا امور اجرایی برجام در یک دوره‌ای به شورای عالی امنیت ملی سپرده شده بود و دبیران این شورا کارهای اجرایی و مذاکرات با طرف‌های خارجی را انجام می‌دادند. در یک دوره دیگر مشخصا در دولت یازدهم و دوازدهم کار به دولت سپرده شد.
