پس از گذشت حدود دو سال از مرمت گنبد مسجد شیخ‌لطف‌الله، نه تنها نحوه مرمت مورد تایید کارشناسان قرار نگرفته که هشدار‌هایی از نفوذ رطوبت به بدنه گنبد نیز داده می‌شود.